แต่กลไกดังกล่าวยังมีข้อจำกัด และไม่ตอบโจทย์ความต้องการของเกษตรกรเท่าที่ควร เนื่องจากเกษตรกรไม่สามารถเขียนโครงการขอรับการช่วยเหลือได้ เพราะมีขั้นตอนที่ยุ่งยากซับซ้อน เกณฑ์การพิจารณามีความเข้มงวด มีระเบียบขั้นตอนที่จะต้องปฏิบัติ งบประมาณโครงการและรูปแบบการช่วยเหลือยังไม่สามารถตอบสนองความต้องการ ไม่สามารถช่วยให้เกษตรกรปรับโครงสร้างการผลิตได้อย่างแท้จริง ดังนั้น จำเป็นที่จะต้องมีการจัดตั้งกองทุน FTA โดยให้เป็นกองทุนควรมีความเป็นอิสระจากระเบียบราชการ ควรมีการจ่ายชดเชยให้ผู้ที่ได้รับผลกระทบ ให้เงินกู้ดอกเบี้ยต่ำและมีระยะเวลาการชำระคืนที่นาน รวมทั้งขอให้ส่งเสริมเกษตรกรใช้ประโยชน์จากนวัตกรรมและเทคโนโลยี เพื่อให้สามารถปรับเปลี่ยนจากเกษตรกรขั้นต้นเป็นผู้ประกอบการเกษตรอุตสาหกรรมได้ และกองทุน FTA ควรเป็นรูปธรรม มีความคล่องตัว สามารถให้ความช่วยเหลือผู้ที่ได้รับผลกระทบให้สามารถปรับตัวและมีศักยภาพในการแข่งขัน ตลอดจนสนองความต้องการได้อย่างมีประสิทธิภาพมากขึ้น
ทั้งนี้ กรมฯ จะรวบรวมข้อมูลและความเห็นที่ได้จากภาคส่วนที่เกี่ยวข้อง เพื่อจัดทำรายละเอียดการขอจัดตั้งกองทุน เสนอต่อคณะทำงานพิจารณาแนวทางการพัฒนากองทุนช่วยเหลือผู้ที่ได้รับผลกระทบจากการเปิดเสรีทางการค้า ซึ่งรองนายกรัฐมนตรีและรัฐมนตรีว่าการกระทรวงพาณิชย์ได้ตั้งขึ้น โดยมีปลัดกระทรวงพาณิชย์เป็นประธาน และกรมเจรจาการค้าระหว่างประเทศเป็นฝ่ายเลขานุการ ภายในเดือนธันวาคมนี้