ภายหลัง พล.อ.ประยุทธ์ จันทร์โอชา นายกรัฐมนตรี และหัวหน้าคณะรักษาความสงบแห่งชาติ (คสช.) ออกคำสั่งหัวหน้า คสช.ที่ 9/2562 ให้โอนคดีที่อยู่ในศาลทหาร อาทิ ความผิดที่อยู่ในอำนาจพิจารณาพิพากษาคดีของศาลทหาร คำสั่งหัวหน้า คสช.ที่เกี่ยวกับการกำหนดให้คดีอยู่ในอำนาจของศาลทหาร เรื่องการดำเนินการเกี่ยวกับคดีบางประเภท ที่อยู่ในอำนาจของศาลทหารจำนวนทั้งสิ้น 5 ฉบับ ให้โอนไปยังศาลยุติธรรม จึงส่งผลให้คดีความมั่นคงที่อยู่ในศาลทหารทุกคดี กำลังโอนไปยังศาลพลเรือนโดยเร็วที่สุด
ทั้งนี้ อาทิเช่น คดีที่นายธนาธร จึงรุ่งเรืองกิจ หัวหน้าพรรคอนาคตใหม่ ถูกแจ้งข้อกล่าวหากระทำความผิดมาตรา 116 ฐานยุยงปลุกปั่นให้เกิดความไม่เรียบร้อย มาตรา 189 ช่วยเหลือหรือให้ที่พำนักผู้ต้องหา และมาตรา 215 มั่วสุมกันตั้งแต่ 10 คนขึ้นไปใช้กำลังประทุษร้าย หรือกระทำการอย่างหนึ่งอย่างใดให้เกิดความวุ่นวายขึ้นในบ้านเมือง จากกรณีมีส่วนร่วมกับกลุ่มนักศึกษากระบวนการประชาธิปไตย ชุมนุมปิดล้อมหน้าสน.ปทุมวัน ปี 2558 และ นำนายรังสิมันต์ โรม ซึ่งเป็นหนึ่งในแกนนำขึ้นรถตู้ส่วนตัวไป
คดีพลเมืองโต้กลับ ประกอบด้วย นายอานนท์ นำภา , นายสิรวิชญ์ เสรีธีวัฒน์ หรือ จ่านิว , นายพันธ์ศักดิ์ ศรีเทพ และนายวรรณเกียรติ ชูสุวรรณ ขัดคำสั่ง คสช.ทำกิจกรรมเชิงสัญลักษณ์เรียกร้องให้มีการเลือกตั้งภายในปี2559 บริเวณหน้าหอศิลปวัฒนธรรมแห่งกรุงเทพมหานคร
คดีนายจาตุรนต์ ฉายแสง อดีตที่ปรึกพรรคไทยรักษาชาติ ที่ถูกดำเนินคดีขัดคำสั่ง คสช. กรณีไม่มารายงานตัว ในความผิดประมวลกฎหมายอาญามาตรา 116 กระทำการยุยงปลุกปั่น และพ.ร.บ.คอมพิวเตอร์ จากการร่วมปาฐกถา ที่สามาคมผู้สื่อข่าวต่างประเทศ ซึ่งจากเดิมศาลได้นัดสืบพยานโจทก์ ในวันที่ 30 ก.ค.62 นี้
นอกจากนี้รวมทั้ง นายอาเดม คาราดัก และนายยูซูฟู เมียไรลี 2 ผู้ต้องสงสัยก่อเหตุระเบิดบริเวณศาลพระพรหม แยกราชประสงค์เมื่อปี 2558 ที่อยู่ระหว่างการสืบพยานโจทก์ในขณะนี้
 ออกคำสั่งหัวหน้า คสช.ที่ 9/2562 ให้โอนคดีที่อยู่ในศาลทหาร){kind=link}