สำหรับมาตรการป้องกันและแก้ไขปัญหาน้ำท่วมขังที่นำมาใช้โครงการรถไฟฟ้าทั้ง 3 สาย มีหลากหลายรูปแบบ เช่น การจัดเตรียมเครื่องสูบน้ำตามแนวสายทางโครงการ โดยเฉพาะในจุดเสี่ยงที่เป็นพื้นที่ต่ำซึ่งมีน้ำท่วมขังบ่อย การจัดเก็บวัสดุอุปกรณ์และเครื่องจักรให้อยู่สภาพที่เรียบร้อย มีผ้าใบปกคลุมมิดชิด เพื่อป้องกันเศษดินทรายตกหล่นไหลลงสู่แหล่งน้ำ การจัดเจ้าหน้าที่ทำความสะอาดบริเวณพื้นที่ก่อสร้าง และหมั่นตรวจสภาพท่อ/ทางระบายน้ำตลอดแนวการก่อสร้างโครงการฯ อยู่เสมอ หากพบว่า มีการอุดตัน มีดินทรายทับถม หรือมีวัสดุกีดขวาง ต้องรีบนำออกหรือทำความสะอาดโดยเร็ว
นอกจากนี้ ทางโครงการฯ ยังได้ บูรณาการความร่วมมือกับหน่วยงานภายในท้องที่ เพื่ออำนวยความสะดวกด้านจราจรและด้านความปลอดภัยให้แก่ประชาชนอย่างต่อเนื่อง