กรมราชทัณฑ์จำแนกประเภทหรือชั้นของเรือนจำ โดยอาศัยเกณฑ์อย่างหนึ่งอย่างใด ดังนี้ (1) เพศ ของผู้ต้องขัง (2) สถานะของผู้ต้องขัง (3) ความประสงค์ในการพัฒนาพฤตินิสัยของผู้ต้องขัง (4) ความมั่นคงของเรือนจำ และ (5) ลักษณะเฉพาะทางของเรือนจำ เรือนจำกลางคลองเปรมเป็นเรือนจำความมั่นคงสูงมีอำนาจในการควบคุมผู้ต้องขังถึงกำหนดโทษประหารชีวิต ภายในแบ่งออกเป็น 10 แดน ภายนอก 1 แดน โดยจำแนกไว้ตามความเหมาะสมกับผู้ต้องขัง แต่ละประเภท เพื่อประโยชน์ในการควบคุม และการอบรมพัฒนาพฤตินิสัย คุมขังเฉพาะผู้ต้องขังเพศชาย รวมถึงกลุ่มผู้ต้องขังข้ามเพศ โดยแบ่งออกเป็น 3 ประเภท ได้แก่ ประเภทที่ 1 คือ ผู้ต้องขังข้ามเพศที่แปลงเพศโดยสมบูรณ์แล้ว ประเภทที่ 2 คือ ผู้ต้องขังข้ามเพศที่ยังไม่แปลงเพศ แต่ลักษณะทางกายภาพไม่เป็นไปตามเพศกำเนิด เช่น เสริมหน้าอก ประเภทที่ 3 คือ ผู้ต้องขังข้ามเพศที่ยังไม่แปลงเพศและไม่ได้มีกายภาพที่เปลี่ยนแปลงไปเพียงแต่พิจารณาแล้วเห็นควรให้ มีการแยกขัง เนื่องจาก มีความเสี่ยงต่อการถูกล่วงละเมิดทางเพศ
เรือนจำฯ แบ่งการควบคุมเป็น 11 แดน โดยเป็นการควบคุมภายในเรือนจำ 10 แดน ได้แก่ แดน 1 (แดนฝึกวิชาชีพงานโรงพิมพ์ราชทัณฑ์และผู้ต้องขังกลุ่มเฉพาะ เช่น กลุ่มข้ามเพศที่แปลงเพศโดยสมบูรณ์หรือข้ามเพศที่ยังไม่แปลงเพศ เป็นต้น) คุมขังผู้ต้องขังที่มีกำหนดโทษไม่เกิน 50 ปี แดน 2 (แดนความมั่นคง) คุมขังผู้ต้องขังที่มีกำหนดโทษ 50 ปีขึ้นไปถึงตลอดชีวิต แดน 3 (ผู้ต้องขังกระทำผิดซ้ำจำนวนหลายครั้ง) คุมขังผู้ต้องขังที่มีกำหนดโทษ ไม่เกิน 50 ปี แดน 4 (แดนฝึกวิชาชีพ) คุมขังผู้ต้องขังที่มีกำหนดโทษไม่เกิน 50 ปี
สำหรับแดน 5 (แดนความมั่นคง) คุมขังผู้ต้องขังที่มีกำหนดโทษ 50 ปีขึ้นไปถึงประหารชีวิตและ/หรือผู้ต้องขังที่มีลักษณะ ดังนี้ 1) ผู้ต้องขังรายสำคัญ 2) ผู้ต้องขังในคดีอุกฉกรรจ์ 3) ผู้ต้องขังฐานความผิดคดียาเสพติด, ฐานความผิด คดีทั่วไป 4) ผู้ต้องขังที่มีพฤติกรรมไม่น่าไว้วางใจ 5) ผู้ต้องขังที่มีพฤติกรรมจะหลบหนีหรือมีปัญหาในการควบคุม และ 6) ผู้ต้องขังแยกการควบคุมระหว่างสอบข้อเท็จจริงแดน 6 (แดนแรกรับ/ ผู้ต้องขังป่วย/ ผู้ต้องขังชรา) คุมขังผู้ต้องขังที่มีกำหนดโทษไม่เกิน 50 ปี แดน 7(แดนการศึกษาและพัฒนาจิตใจ) แดน 8 (แดนกักโรค) แดน 9 (แดนสูทกรรม) คุมขังผู้ต้องขังที่มีกำหนดโทษไม่เกิน 10 ปี และแดน 11 (แดนพยาบาล) สำหรับการควบคุมภายนอก มีการแยกแดนออกไปแต่อยู่ติดกับเรือนจำกลางคลองเปรม คือ แดน 10 สถานกักกันคลองเปรม ไว้คุมขังผู้ต้องกักกัน
อนึ่ง หากผู้ต้องขังรายใดกระทำผิดวินัยหรือมีพฤติการณ์ไม่น่าไว้วางใจหรืออยู่ระหว่างสอบสวนข้อเท็จจริง เรือนจำจะพิจารณาย้ายผู้ต้องขังไปควบคุมไว้ในแดน 5 (แดนความมั่นคง) เพื่อแยกการควบคุม ซึ่งรวมถึงผู้ต้องขังข้ามเพศ สำหรับผู้ต้องขังที่แยกการควบคุมนั้น จะควบคุมไว้ในห้องคุมขังช่วงเวลากลางคืนเท่านั้น ส่วนเวลากลางวันผู้ต้องขังสามารถออกไปทำกิจกรรมได้ เช่น การเยี่ยมเยียนจากญาติ การพบทนายความ การทำกิจกรรมอื่นตามที่เรือนจำกำหนด เป็นต้น
กรมราชทัณฑ์ ขอเรียนว่าพร้อมให้ตรวจสอบกล้องวงจรปิดในห้วงเวลาก่อนเกิดเหตุจนถึงการชันสูตร พลิกศพในที่เกิดเหตุตลอด 24 ชั่วโมง หรือภายในระยะเวลาที่หน่วยงานร้องขอ และพร้อมเปิดเรือนจำฯ ให้ทุกหน่วย เข้าตรวจสอบสถานที่ได้ ทั้งนี้ ขอย้ำว่า เรือนจำฯ ได้ดำเนินการตามมาตรฐานการปฏิบัติต่อผู้ต้องขัง (SOPs) รวมถึง สิทธิการคุ้มครองอย่างเท่าเทียมกันทางกฎหมาย โดยได้ยึดแนวทางปฏิบัติต่อผู้ต้องขังทุกรายอย่างเท่าเทียมให้เป็นไปตามมาตรฐานสากลและหลักทัณฑวิทยา
